ครั้นต้นคริสต์ศตวรรษที่ 11 ไดเมียวที่มีซามูไรเป็นองครักษ์เถลิงอำนาจทางการเมืองภายในประเทศ[7] ตระกูลไทระกับตระกูลมินาโมโตะช่วงชิงอำนาจเหนือราชสำนักที่กำลังเสื่อมถอย ตระกูลไทระควบคุมราชสำนักได้ในช่วง ค.ศ. 1160–85 แต่พ่ายแพ้แก่ตระกูลมินาโมโตะในยุทธการที่ดันโนอูระ ทำให้มินาโมโตะ โนะ โยริโตโมะ ยึดอำนาจรัฐบาลกลางเป็นผลสำเร็จ และก่อตั้งระบบเจ้าขุนมูลนายขึ้นที่เมืองคามากูระ โดยให้ซามูไรที่เป็นองครักษ์มีอำนาจบางประการในทางการเมือง ส่วนจักรพรรดิและชนชั้นนำอื่น ๆ อยู่ในอำนาจทางนิตินัยเท่านั้น ต่อมาใน ค.ศ. 1119 จักรพรรดิประทานตำแหน่งเซอิไทโชกุนให้แก่โยริโตโมะ ทำให้ระบอบการปกครองของเขาเป็นที่รู้จักในนาม "รัฐบาลโชกุน" แต่เมื่อสิ้นโยริโตโมะแล้ว ตระกูลโฮโจจากฝั่งภริยาของโยริโตโมะเข้าควบคุมตระกูลมินาโมโตะไว้ได้[8] โชกุนตระกูลโยริโตโมะที่สืบตำแหน่งต่อ ๆ มากลายเป็นเพียงหุ่นเชิดที่มีบุคคลจากตระกูลโฮโจคอยสำเร็จราชการแทน เป็นเช่นนี้เกือบ 150 ปีตั้งแต่ ค.ศ. 1192 ถึง 1333

ในช่วงเวลาดังกล่าว สองราชตระกูล คือ ราชสำนักเหนือ กับราชสำนักใต้ อ้างสิทธิในบัลลังก์กัน รัฐบาลโชกุนเข้าแทรกแซงโดยให้ราชตระกูลทั้งสองผลัดกันครองบัลลังก์ แต่จักรพรรดิโกะ-ไดโงะพยายามจะยุติการผลัดบัลลังก์ดังกล่าวโดยวางแผนล้มล้างระบอบโชกุน พระองค์อาศัยจังหวะที่จักรวรรดิมองโกลเข้ารุกรานญี่ปุ่นใน ค.ศ. 1274 และ 1281 ดำเนินการฟื้นฟูเค็มมุใน ค.ศ. 1331 แต่ล้มเหลว พระองค์ถูกเนรเทศ จนราว ค.ศ. 1334–36 ขุนพลอาชิกางะ ทากาอูจิ ช่วยให้พระองค์หวนคืนสู่ราชบัลลังก์ ทำให้รัฐบาลโชกุนที่มีตระกูลโฮโจเป็นผู้นำสิ้นสุดลง[9]

ในช่วงฟื้นฟูเค็มมุนั้น แม้เป็นผลให้รัฐบาลโชกุนแห่งเมืองคามากูระสิ้นสุดลง แต่ก็เกิดรัฐบาลโชกุนใหม่ขึ้นแทน โดยเจ้าชายโมริโยชิ โอรสของจักรพรรดิโกะ-ไดโงะ ได้ตำแหน่งเซอิไทโชกุน ทว่า ก็เป็นช่วงสั้น ๆ เพราะไม่นานเจ้าชายก็ถูกจับกุมคุมขังไว้ในพระราชฐาน และถูกอาชิกางะ ทาดาโชยิ น้องชายของทากาอูจิ สังหารใน ค.ศ. 1335 นอกจากนี้ ในปีถัดมา คือ ค.ศ. 1336 ทากาอูจิยังผิดใจกับจักรพรรดิโกะ-ไดโงะ และถอดพระองค์ลงจากบัลลังก์ แต่งตั้งจักรพรรดิพระองค์ใหม่ขึ้นแทนใน ค.ศ. 1339 คือ จักรพรรดิโกะ-มูรากามิ[9]